Инициатором независимой судебно-бухгалтерской экспертизы являются налоговые органы, следственные органы, юридические и физические лица.

Чаще всего это происходит в случаях, когда возбуждаются уголовные или административные дела, касающиеся мошенничества, присвоения и растраты средств, уклонения от уплаты налогов и по другим статьям.

Бывает, что в ходе расследования следственные органы привлекают зависимые от них экспертные организации, которые зачастую выносят необъективные результаты в пользу одной из сторон. В этом случае заказ независимого исследования даст возможность оспорить неправомерные решения.

Для проведения судебных бухгалтерских экспертиз привлекаются специалисты с высокой квалификацией в области экономики и ведения бухгалтерского учета. В сложных случаях для исследования привлекается несколько сотрудников.

В зависимости от целей и задач экспертизы в производстве применяют научные, расчетно-аналитические, документальные и другие приемы.